关于十二钗的排序历来争议颇多，关于上榜人员的选定和排序名次的安排，无论用哪种法则来解释似乎都不能全然合理。最重要的是，对于预测这些上榜人物的判词、画、曲等关键性的命运籍册，脂批却呈现出了非常罕见的冷淡。这又加深了十二钗排名次序标准的难度。
甲戌本仅存十六回，脂批却高达一千六百余条，而在十二钗登场的第五回，虽然批语也有一百多条，但对于十二钗关键性的诗曲暗示，脂批却仅寥寥数语。比如王熙凤的判词“一从而令三人木”，迄今为止，想解此谜的讨论文章多到数不胜数，然脂批却仅三字“拆字法”。由此我们不难推断，在十二钗的排序方面，作者肯定暗示了玄机或者另有深意。
余英时认为，十二钗的排序应该多重性，不宜抽象讨论，也不应孤立、个别处理，须全面的研究，他以“通部情案，皆必从石兄挂号”为出发点，认为最重要的标准该是各女子与贾宝玉的亲疏关系。我认为这一点是可取的，毕竟，整部石头记，或者说，十二钗能产生榜单都要从神瑛侍者携带这块石头下凡说起，这是故事产生的起源，所有的问题该以他为中心才对。
我们先来看一下十二钗的排序，林黛玉和薛宝钗并列第一，元春第三、探春第四，后面依次是史湘云、妙玉、贾迎春、贾惜春、王熙凤、贾巧姐、李纨、秦可卿。这十二个人里，秦可卿很早就去世了，并且也没有入住过大观园，巧姐是个孩子，前八十回只有刘姥姥来的那次来了一次大观园，结果被园子里的花神给撞客着了。而这两个人居然也上榜了金陵十二钗主册，这到底是为什么呢？
红楼梦整部书，其实最核心的部分就是大观园里那些事，大观园也基本就是模拟太虚幻境的一个理想世界，上榜的这些女子基本都跟大观园有关。林黛玉和薛宝钗不用说了，并列双女主，不仅是大观园最耀眼的两个女主，还是影响贾宝玉命运最重要的两个女性。两人排首位无可非议。
元春排第三也很好理解，正是因为贾元春才有了大观园的出现，换句话说，元春也可以算是大观园的缔造者。更重要的是，元春这个人物对于贾宝玉来说，亦姐亦母，是带有母性光辉的一个姐姐的形象。她离贾宝玉看似很远，但实则，贾宝玉的任何事情都跟她有关，就连贾宝玉的婚姻大事，她都在宫里远远的掌控着。她排在双女主薛林之后理所应当。
探春是贾宝玉的异母妹，血缘关系稍逊于贾元春，但在大观园中，探春也算是贾宝玉血缘上最亲近的一个妹妹。不仅如此，探春的人生似乎也在高仿元春。寿怡红群芳开夜宴的时候，李纨就曾对探春说：“我们家已有了个王妃，难道你也是王妃不成”。这一点说明，探春和姐姐元春的命运非常相似。
更甚至，在判词和曲子里，探春和元春这姐妹俩也是非常像。元春的曲子是：望家乡，路远山高。故向爹娘梦里相寻告。而探春的曲子是：一帆风雨路三千，把骨肉家园齐来抛闪。姐妹俩的命里似乎都在为了父母和家族在割舍自己，这姐妹俩命运的悲剧多多少少都被家族所累，而对于贾宝玉来说，这一姐一妹的人生似乎都为他在付出。所以探春排名仅次于元春，排在第四位。
很多人说，探春之后，接下来就该是迎春和惜春了。但作者给出的榜单排名，湘云和妙玉却排在了迎春、惜春姐妹之前。对于这一点我们该怎么理解呢？其实这正是红楼梦八十回之后残缺留下的遗憾。迎春和惜春跟贾宝玉有血缘关系是不假，但这两个人虽然也住大观园，平时也跟贾宝玉姐姐哥哥妹妹的叫，但按实际的血缘关系来说，其实两人都不算太近了，尤其惜春，几乎已经出五伏了。
而对于贾宝玉来说，湘云和妙玉对他的影响比迎春和惜春姐妹大多了。但至于湘云和妙玉对贾宝玉有什么影响，八十回之前，关于史湘云的在“因麒麟伏白首双星”这一回有暗示。贾宝玉的金麒麟和史湘云的金麒麟是一对，这一点巧合肯定在八十回之后大有文章。因为红楼梦里借物暗示人和事是最常用的手法，比如贾宝玉的玉和薛宝钗的金锁就是一对，从而生出来金玉良缘的美谈。八十回之后，史湘云和贾宝玉的命运一定是有交集的，两人肯定会因为这对麒麟生出一段故事。这对贾宝玉的命运是有影响的。
妙玉同样如此。红楼梦中带玉的人，都会和贾宝玉有点联系。并且妙玉的判词里出现的：又何须，王孙公子叹无缘，这里的公子大概率就是贾宝玉。前八十回中，贾宝玉用妙玉的杯子喝茶，向妙玉讨红梅等，这些微妙的事件中都在暗示，妙玉日后会和贾宝玉有交集，当然两人最后肯定是“叹无缘”的结局，但妙玉对贾宝玉的命运肯定是有影响的。
这也是她为何会排在迎春和惜春之前的原因，而至于妙玉为何排在湘云的后面，大概率是因为，妙玉和贾宝玉的关系没有史湘云和贾宝玉的关系近，史湘云和贾宝玉用青梅竹马，两小无猜来形容太合适了，相比之下，妙玉就稍逊一些了。
除去这些和贾宝玉命运有交集的女子，就该是贾宝玉两个血缘关系比较远的姐妹了，迎春在前，惜春在后，不论从长幼论还是从和贾宝玉的亲疏论，惜春都该排在姐姐迎春之后。因此，迎春排第七，惜春排第八。
排第九位的是王熙凤。王熙凤是贾府的管家，大观园同样也在她的管理范畴之内。要论血缘关系，王熙凤和贾宝玉的血缘关系比薛宝钗还要近一点。但在人伦关系方面，王熙凤要远一层了，比李纨还远，算是贾宝玉的堂嫂。然而王熙凤排在李纨之前，我想大概率就是因为贾宝玉和秦钟的一场缘分是王熙凤的功劳。贾宝玉和秦钟能认识，得益于王熙凤和秦可卿的深交，而贾宝玉和秦钟能日夜相伴读书，也是得益于王熙凤的相助。并且大观园的日常管理和运营，都有王熙凤这个幕后管理者的功劳。把王熙凤排在四春之后合情合理。
李纨和王熙凤的角色差不多，都算是大观园的一个管理者，论和贾宝玉的亲疏，李纨要比王熙凤近。但是李纨是个孀居的寡妇，在荣国府的大业面前，她尚且退居在了王熙凤之后，对于贾宝玉的影响自然也该排在王熙凤后面。然而不解的是，巧姐和秦可卿这两个和大观园似乎没有联系的人居然也上榜了，并且巧姐还排在了李纨之前。
巧姐排在王熙凤之后，李纨之前，大概率和她的恩人刘姥姥有关。刘姥姥游玩大观园的时候，她命中注定的孙媳妇巧姐也就出现了，并且还用柚子和板儿交换了佛手。八十回之后，巧姐肯定会和刘姥姥一家人有重头戏，她的判词和插图里早就有暗示。
但是巧姐和刘姥姥一家人的命运和贾宝玉不经意间的一个举动很可能产生巨大联系，那就是贾宝玉无意间为刘姥姥讨来妙玉的那个成窑小盖盅。这个小盖盅引发的事件究竟是福是祸很难说，但肯定对刘姥姥一家日后的命运轨迹有影响，从而间接在影响巧姐。所以巧姐和贾宝玉的连带关系和母亲王熙凤类似，都属于无意间的一个举动，却酿成了一段说不清好坏的缘分。因此巧姐排在母亲王熙凤后面也说得过去。
至于秦可卿为何上榜又排在末尾，这个问题还是要以贾宝玉本人为出发点来看待。红楼梦中几乎所有的事件都讲究对称，比如晴为黛影，袭为钗副，有十二钗正册就副册和又副册相对称。林黛玉和薛宝钗居首位，两人合二为一，同用一首判词和曲子，而末尾归引到太虚幻境的时候，两人还是二合一，那就是“兼美”秦可卿，鲜艳妩媚有似宝钗，风流袅娜，则又如黛玉。
并且秦可卿也的确是让贾宝玉情窦初开的第一人，不仅让他明白了男女之情，也领略了男女之事，这正好是林黛玉和薛宝钗人生的合并，一个在灵魂一个在肉体，一个在理想一个在现实。所以秦可卿虽然没有入住过大观园，但她却是大观园的总结，排在末尾合情又合理。
